Сбирка „Знамена” е създадена през 1975 г. и съдържа 84 фондови единици. В нея се съхраняват въстанически знамена, знамена на партии и политически организации, браншови сдружения, училища, благотворителни братства, културно-просветни дружества, на обществени и културни институции.
Значими експонати в колекцията са: знаме на Кратовската чета Илинденско-Преображенското въстание, 1903 г., знаме на Дружеството на бежанците от поробено Трънско, 1920 г., знаме на Македоно-Одринското опълченско дружество в Плевен, 1912 – 1913 г., знаме на Обществото на кавалерите на ордена „За храброст”, с. Славяново, Никополско, 1934 г., знаме на Дружеството на запасните офицери „Три уши”, Сливница, 1921 г., знаме на VI Софийска мъжка гимназия „Симеон Велики”, 30-те г. на XX в. и др.
