Тя ръководи и участва в множество теренни археологически изследвания. От 1964 г. досега тя е член на колектива и ръководител на теренните проучвания на Дворцовия център във Велики Преслав и координатор на проучванията във Втората българска столица.
На 5.май 2023 г. българската наука загуби изключителния археолог, учен и приятел – проф. Маргарита Ваклинова
Маргарита Ваклинова завършва висше образование в Софийския университет „Св. Климент Охридски“. Защитава докторска дисертация на тема „Каменната декоративна пластика от Ранновизантийската епоха в България – V-VI в.“ Специализира в Италия, Франция и Великобритания. През 1968 г. завършва курс в Института за равенско и византийско изкуство към Болонския университет – Равена, Италия. В периода 1971-1972 г. е на специализация в Колеж дьо Франс и Парижкия университет – Сорбона. През 1986 г. специализира в Лондон по програма за съвместни изследвания с Британската академия на науките.
Тя ръководи и участва в множество теренни археологически изследвания. От 1964 г. досега тя е член на колектива и ръководител на теренните проучвания на Дворцовия център във Велики Преслав и координатор на проучванията във Втората българска столица. До 1978 г. Маргарита Ваклинова е ръководител на археологическите разкопки на Дворцовия център и Крумовия дворец в Плиска. В периода 1980-1988 г. е ръководител на проучванията на античния и средновековен град Никополис ад Нестум, както и на археологическите разкопки на Червената църква в Перущица. До днес участва активно в работата на терена. Работила е на обекти от различни епохи: праистория, античност, средновековие.
В периода 1988-1989 г. Маргарита Ваклинова е гост-преподавател в Парижкия университет, където изнася курс лекции за ранно християнското изкуство и ранносредновековната култура на България. Преподава в Нов български университет, Департамент Археология, както и във Философския факултет на СУ „Св. Климент Охридски“.
От 1993 до 2008 г. Маргарита Ваклинова е заместник-директор на НАИМ-БАН, а от 2008 г. става изпълняващ длъжността директор на НАИМ.
Маргарита Ваклинова е автор на повече от сто научни публикации в областта на късната античност и средновековието. Тя остави своя оригинален принос в българската наука.
Маргарита Ваклинова е носител на редица държавни отличия като едни от най-престижните са орден „Св. Кирил и Методий“ с огърлие за особено значимите ѝ заслуги за развитието на културата, награда за принос в науката „Питагор“, наградата „Златен грифон“ за принос в развитието на българската археологическа наука.
Носител е на почетно гражданство на София, Велики Преслав и Смолян.
Националният исторически музей изказва съболезнования на семейството, близките, колегите и на всички, които обичат и уважават проф. Ваклинова. Скърбим за огромната загуба! Поклон пред делото ѝ!
ДИРЕКТОР НА НИМ: ДОЦ. Д-Р БОНИ ПЕТРУНОВА