След османското нашествие на Балканите Търновската патриаршия престава да съществува, а диоцезът й преминава към този на поместната православна църква в Константинопол. Последният търновски патриарх св. Евтимий е пленен и заточен, вероятно в Бачковския манастир.

Охридската архиепископия запазва своята автокефалност в първите векове на османското владичество. Архиепископската катедра е създадена със сигилий на император Василий II от 1019 г., а последвалите няколко акта на василевса от 1020-1025 г. определят и нейните териториални граници, препокриващи тези на преместената на запад след похода на Йоан I Цимисхи българска патриаршия. В годините на османско владичество местните архиереи продължават да полагат грижи за духовните нужди на своето паство. Скоро след османското завладяване на района Охридската архиепископия разширява своя диоцез, особено след въдворяването на бившия Вселенски патриарх Марк II Ксилокарав за охридски архиерей.

В първата половина на XVI в. смедеревският митрополит Павел отхвърля властта на охридския архиепископ и провъзгласява Печката патриаршия за независима, откъсвайки от охридския диоцез няколко епархии.

През втората половина на XVIII в. Вселенската патриаршия успява напълно да включи в своя диоцез епархиите, намиращи се под юрисдикцията на печките и охридските архиереи. През 1766 г. е унищожена Печката патриаршия, а през 1767 г. е издадено султанско ираде, с което е унищожена и Охридската архиепископия.

Архирейската митра, носена от охридските архиепископи, е едно от свидетелствата за важността на Охрид като крепост на православието през годините на османското владичество. Епископската митра, която символизира трънния венец, положен върху главата на Иисус Христос по пътя Му към Голгота, е една от инсигниите на църковната власт на охридския архиерей.